Generalmente los primeros signos y síntomas de la acrodermatitis enteropática ocurren en los primeros meses de vida, y con frecuencia después del destete. La enfermedad desarrolla placas eccematosas escamosas de color rosa (que pueden ser vesiculares, pustulares, o descamativas) o erupciones cutaneas psoriasiformes, en extremedidades y en áreas anogenitales y periorificiales. El cabello frecuentemente puede tornarse de color rojizo, y la alopecia es característica. La función de los línfocitos y la captación de radicales libres se deteriora. Puede desarrollar conjuntivitis, blefaritis y distrofia corneal. Otras manifestaciones clínicas incluyen: retraso en el crecimiento y desarrollo, lentitud mental, mala cicatrización de las heridas, anemia, fotofobia, queilitis angular, hipogeusia, glositis, estomatitis, anorexia, paroniquia, e hipogonadismo en niños y hombres. Son frecuentes las infecciones por bacterias y la superinfección por Candida albicans. Si la persona no recibe tratamiento, el curso de la enfermedad es crónico e intermitente pero con frecuencia es severamente progresiva.
La variedad de manifestaciones en esta enfermedad por malabsorción del zinc, se debe a que éste participa en numerosas vías metabólicas como la del cobre, la de los ácidos grasos esenciales y la de las prostaglandinas, y también por ser activador de algunas metaloenzimas.
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