Pacino recibió una nominación al Óscar por interpretar a Big Boy Caprice en la taquillera película Dick Tracy (1990), seguido de un retorno a uno de los personajes más famosos, Michael Corleone, en El Padrino III (1990). En 1991, Pacino protagonizó Frankie y Johnny, con Michelle Pfeiffer, quien había co-protagonizado junto a Pacino en Scarface. Finalmente ganaría el Óscar al mejor actor, por su interpretación del Teniente Coronel retirado del Ejercito de los Estados Unidos, Frank Slade, en el éxito taquillero Scent of a Woman (1992). Ese mismo año, también fue nominado para el Óscar al mejor actor de reparto por Glengarry Glen Ross, haciendo de Pacino el primer actor masculino en recibir dos nominaciones por dos películas diferentes en el mismo año, y de ganar para el papel principal.
Durante la década de 1990, Pacino regresó brevemente a los papeles de mafioso a los aclamados dramas criminales, Carlito's way (1993) y Donnie Brasco (1997). En 1995, Pacino interpretó al teniente Vincent Hanna en Fuego contra Feugo (Heat) de Michael Mann, en la que él y su compañero e ícono cinematográfico Robert de Niro aparecen juntos en pantalla por primera vez (aunque ambos participaron en El Padrino II, no compartían ninguna escena). Fuego contra Fuego creó una enorme expectativa debido a sus protagonistas, y aunque recibió críticas favorables, no logró grandes números en la taquilla mundial. En 1996, Pacino protagonizó su largometraje Looking for Richard, y fue elogiado por su papel de Satanás en el thriller sobrenatural Pactar con el Diablo/El abogado del Diablo en 1997. En 1999, Pacino protagonizó el drama deportivo Un Domingo Cualquiera de Oliver Stone y la multi nominada al Óscar, El Informante de Michael Mann.
